Trung tâm Quản lý, khai thác cảng, bến An Giang có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng. Cơ cấu tổ chức gồm Ban Giám đốc, 02 phòng chuyên môn và 09 cảng, bến trực thuộc.
Biên chế viên chức, số lượng người làm việc của Trung tâm được xác định trên cơ sở: